・戦自の自走陽電子砲 脚本決定稿と同じく「I型加速器」となっている 【39】
・ケンスケのゲーム機がサターンなのはこの段階からもうサターン 【41】
・この段階では山口県宇部市は映ってない どこかの情景となっている 【43】
・まさかのこの段階でもヤシマ作戦の名前決まってない 〇〇〇となってる【47】

引用:新世紀エヴァンゲリオン絵コンテ集〈2〉富士見書房
・脚本と同じくシンジが寝ている病室は2話と同じとなっている(フィルムでは似ているが違う病室とのこと) 【50】
・シーツで裸を隠すシンジに摩砂雪さんのコメントあり (「女みたいなやつ」)【54】
・シンジ「綾波はまだ(ryそんなことが言えるんだ」 (「甘えた台詞を吐く。無自覚に」) とのコメント 【56】
・シンジ「寝てたらって…」 ※「てっきり同情してくれると勝手に思っていたシからみるとレイの言葉は心外だったのです・・・」とのコメントアリ 【57】
・暗闇で作戦についてシンジたちが話しているカット(シンジが砲手で綾波は防御担当とか言ってる時の特徴的なカット)
※注 「これ以降のこのシーンのみ工藤栄一+実相寺カットですのでフンイキ最優先させて下さい。(CUTつなぎは無視して下さい!)」とのコメント 【66】

引用:新世紀エヴァンゲリオン絵コンテ集〈2〉富士見書房
・↑と同じく(「ここからはフンイキ優先です。立ち位置は大きく変えてください」)とある。のちのカットでキャラの立ち位置がコロコロ変わってることだと思われる(シンジが綾波を見る時の目線など)【67】

引用:新世紀エヴァンゲリオン絵コンテ集〈2〉富士見書房
・(「制作様 至急ベガ様江コピーをおくってください。」)とのコメントアリ(制作進行へ摩砂雪さんからのコメントかな?(摩って書いてるように見えるため))
(おそらく「制作進行の吉田義樹さんへ制作協力のベガエンタテイメントにポジトロンスナイパーライフルの資料送ってくれ」と言っている) 【69】

引用:新世紀エヴァンゲリオン絵コンテ集〈2〉富士見書房
・綾波が下着を脱いでるカット (「あくまでガサツに脱いでください。いやらしくならぬようよろPC!」)とのコメントアリ 【73】
・今まで『温泉ペンギン』と書かれていたペンペン、ここではペンペンとちゃんと書かれている(停電シーン) 【75】
・綾波「さよなら。」(「ウソですが「月」を大きくよろしく」)とのコメントあり(ここの月でかいもんなぁ…) 【81】

引用:新世紀エヴァンゲリオン絵コンテ集〈2〉富士見書房
・送電開始の時のスイッチを入れる手、(「ナディア22話C43流用!」)とか書いてある (「ナディアトップ兼用!」)とも 【84】
・ラミエルの加粒子砲が初号機の頭を行って林が吹き飛ぶところ (「ナディア7話バンク」)と書かれている 【95】
・ラミエル撃破後、エントリープラグ注水排時に苦しそうにコクピット内で耐えている綾波の没カットがあった 【111】
・シンジの泣き声 (うれし泣き声)と書いてある 【114】
・綾波の笑顔 摩砂雪さんの「こことびっきりの笑ガオでよろPC!」とある(DEATHで書き直したんだよなぁ…) 【117】

引用:新世紀エヴァンゲリオン絵コンテ集〈2〉富士見書房
・コンテ完成日 95年1月13日の金曜日 【118】

引用:新世紀エヴァンゲリオン絵コンテ集〈2〉富士見書房