『別冊JUNE』1996年9月号より
・全長5メートルほどのαエヴァ（ゲンドウ曰く試作品らしい）登場。補完計画のために作られたという【１０９】
・アスカとレイのシンクロ率が下がってきているので（マヤ曰くアスカは精神的要因、綾波は肉体的要因）リツコがパイロットのスカウトに奔走中とのミサトの台詞 【１１０】
・ミサト、加持が死んで酒の量が増えた（シンジの台詞） 【１１０】
・この時点での英文サブタイは「The Beginning and the End or.」【１１０】
・カヲルくん初登場シーン。駅のホーム（シンジとリツコが迎えに行く） 紺色の水兵服を着ている【１１１】
・アスカ、初対面でカヲルくんにハートマーク【１１１】
・シンジ、カヲルくんを見て落ち込む。ミサト、シンジがコンプレックスを持たなければいいがと心配する 【１１１】
・ケンスケ、トウジの見舞いに来る。 フィルムと違って足もあるし大したケガじゃなさそう 明日にも退院だという 【１１１】
・この段階だと学校が壊れてないので普通に通学しているみんな 【１１２】
・放課後に聞こえるカヲルのピアノの音色（上手） （新劇要素…！） 【１１３】
・シンジとカヲルが仲良さそうなのを見て「・・・」なアスカ 学校でシンジたちが噂されると「だって、あの二人、デキてるんだもの」と女子生徒たちに説明する【１１５】
・シンジ、トウジの退院祝いのパーティーにケンスケに誘われるが「先約（カヲルのこと）があるから」と断る 【１１５】
・旧市街（小田原あたり）の海で裸で泳ごうとか言い出すカヲル どちらも裸になるがシンジは泳げない 【１１６】
・カヲルの手首に幾筋もの傷があるのを見るシンジ 【１１６】
・シンジ、「カヲルを見ていると自分はなんて惨めなんだろうと思ってしまうから避けていた、でも姿が見えなくなると不安で不安でたまらなくなる」と告白 【１１６】
・シンジ「カヲルくん、僕は君のことが・・・」 カヲル「ごめん・・・そうゆうのイヤなんだ」 【１１７】
・シンジ、フラれたショックで夕飯を食べない。完璧に予想がついているアスカ。見かねたアスカが「この私が元気づけてやっかな」とか言い出す 【１１８】
・シンジ、アスカに「汚い手で触らないでよ。あんな不潔な噂広めたくせに。顔も見たくないから出てってよ」と返す。憤然と部屋から飛び出すアスカ 【１１８】
・リツコ、ミサトがシンジをカヲルに取られて嫉妬してると指摘。今まで精神のバランスが崩れなかったのはシンジがいたからだとも指摘 ミサト「・・・」 【１１９】
・フィルムと違い歩いて地下に行くカヲル。ここで警報発令 【１１９】
・コアを持った使徒に変容するカヲル カヲル「これが僕の・・・本当の姿・・・？」 【１１９】
・殺人レーザーを跳ね返すカヲル 【１１９】
・弐号機で出撃するアスカ「だーから、言わないこっちゃないんだから」 【１２０】
・だが、ハーモニクスが許容値にまで達していないため起動できない弐号機。肩を震わせて俯いているアスカ 【１２０】
・使徒の侵入を許したことによりゲンドウに解任を伝えられ、「直ちにここから出ていきたまえ」と言われるリツコ。リツコ、出ていく 【１２１】
・ゲンドウ、αーエヴァの起動を指示 マヤ「了解」 搭載されるダミープラグ 【１２１】
・ある扉の前で何かの気配を感じて入る。綾波が生まれ育った部屋だった。中にいる綾波とカヲル会話をする 【１２１】
・カヲル「握手した時から思っていたけど、君はリリンではないって」 綾波「リリン？」 カヲル「人間のことさ」
綾波「あなた自身がリリンではないと気づいたのはいつ？」 カヲル「十になった時からかな。この街にやってきて、初めて自分の宿命というものがわかった。僕が求めているのはコレだったんだ」 と、部屋にある7つ目のシンボルマークを指す。
カヲル「実物はこの近くにあるよね。案内してほしいな」 綾波「それは駄目。サードインパクトが起こってしまう」
カヲル「（些か信じられず）あのセカンドインパクトのような大惨事が起こるの？」 綾波「そうよ」
その時、迫ってくるαエヴァの咆哮が聞こえる 【１２１～１２２】
・αエヴァが激突した壁の向こうに十字架に駆けられた7つ目の巨人の上半身が見える レイ「アダム・・・」 カヲル「アダム！？」 【１２２】
・袋小路に追い詰められる二人。二人もろとも喰いつこうとするαエヴァ。その時初号機登場。プログナイフで串刺しにし支柱に突き立てる 【１２２】
・シンジ「綾波、無事？」 レイ「ええ」【１２２】
・アダムを見つめたまま動かないカヲル（使徒の姿）
スピーカーのゲンドウの声「使徒よ。何故それ以上進もうとはしない」 カヲル「碇司令ですね」 ゲンドウ「そうだ」 カヲル「ここはあなたにとっての『ありし人の教会』なんですね」
ゲンドウ「何故、君はアダムに触れようとはしない。人類に対する同情、憐みかね」 カヲル「いたわりですよ。僕自身に対するね。生き続けることは、辛いことだから」
ゲンドウ「死を、自ら選ぶのか？」 カヲル「死は僕に与えられた、唯一の自由意志。造物主の命に逆らえる、唯一の手段なんですよ」
碇: 『それが生命の原則に反していてもか』
カヲル: 「生命とは絶えず変化していくものです、形を定めるものではありません。死もまた生の一部に外ならないから」
初号機からシンジの声が聞こえて来る。
シンジ: 『カヲル君・・・・・・』
カヲル: 「シンジ君。こんな結末になるとわかってたのなら、あの時、一緒に海に沈めばよかった」 【１２３】
○初号機・エントリープラグ
シンジ: 「君は僕を騙していたの？ 利用しただけなの？」
カヲル: 『それは違うよ。君と過ごした数日間、とても楽しかった。僕の命を絶つことができるのは君だけだ。君の手にかかって、死ぬなら、こんな幸福なことはない』
シンジ: 「（泣きじゃくり）そんなことできるわけないじゃないか！」
○セントラルドグマ
カヲル: 「早く。体の中で、何かが僕を突き動かそうとしているのがわかるんだ。それは僕の本能なんだと思う。今の僕は、あの時の君のように、自分で自分がわからないんだ」
○初号機・エントリープラグ
シンジ: 「・・・・・・」
カヲル: 「早く！」
○セントラルドグマ
カヲル、いきなり身を翻したかと思うと、パッと跳躍し、アダムに向かってダイビングしていく。
レイ: 「碇君！」
○初号機・エントリープラグ
シンジ: 「——！」
○セントラルドグマ
初号機の腕が伸びて、アダムに接触する寸前にガッと使徒を掴む。
ぶちゅ。
という音とともに僅かに顔をしかめるレイ。
初号機の掌の中から血が溢れ、滴り落ちている。
やがて、シンジの絶叫が巨大な空間に響き渡る。
（Fade Out) 【１２３～１２４】
○ケイジ（時間経過）
冷却液に浸かっている初号機。
流しがある一角で放心したように手を洗っているシンジ。
ミサトが来る。
ミサト: 「シンジ君・・・・・・」
シンジ: 「（振り向きもせず）血の臭いが取れないんだ。それに、潰した時の感触も・・・・・・」
ミサト: 「シンジ君は、彼にあこがれていたのね」
シンジ: 「彼は、ぼくにないものをみんな持ってた。生き残るなら彼の方だ」
ミサト: 「それは違うわ。生き残るのは、生きたいという意志をもつものだけよ」
シンジ、無言のまま、ひたすら手を洗っている。
○更衣室
一人、佇んでいるアスカ。
何度も殴りつけたのか、目の前のロッカーの蓋はボコボコにへこんでいる。
アスカ: 「——」
○通路
更衣室からガンガンと、アスカがロッカーを叩く音が聞こえてくる。
目眩をおこしたのか、つらそうな様子で壁に凭れているレイ。
ついには床に伏せてしまう。 【１２４】
○リツコの研究室
一人、じっと何かを考えている様子のリツコ。
ノックもなしに数人の警務部の男が入ってくる。
男A: 「（令状を出し）赤木リツコ。君を逮捕する。容疑の詳細は博士自身が一番ご存知のはずだが、読み上げましょうか？」
リツコ: 「いえ、結構よ。時間の無駄でしょ」
リツコ、連行されて行く。 【１２４】
○どこか（人類補完委員会）
委員会のメンバーが集まっている。
キール: 「たった今、シナリオに記されていた最後の使徒の殲滅が確認された。これにより人類補完計画に対する障害はなくなったのだ」
委員A: 「だが、新たなる問題が浮上しつつある。碇ゲンドウと初号機だ」
委員B: 「ネルフも今となっては無用の長物」
委員C: 「奴は総司令の地位を利用してネルフを私物化した」
委員D: 「碇が初号機を”神”にしてそれを占有しようとたくらんでいることは、これまでの調査によっても明らかだ」
キール: 「私はゼーレの首長として、ここでネルフの解体を決議したいと思う」
○ネルフ本部・総司令公務室
何事か密議している碇と冬月
つづく 【１２５】