・冒頭で湖に落ちる電柱からの破片は24話の原画流用(カヲル君の首が落ちるのと対比させているのかもしれない)【497】
・アスカを起こそうとするシンジ (「あまりシャープにならぬよう、グニャッとしただらしなくなさけない動作で」)と書かれている。
また、「手だけ男っぽい乱暴な動きで」とある。【499】
・シンジのオナニーの直前(アスカの裸の前に立っているシンジ) (「この後ワンシーン未定のため抜けています」)とあり、(「No7B改 こちらでよろしくお願いします」)とあるのでおそらく2稿と同じくシンジの部屋で射精する案(A案)もあったのだと思われる。【502】


その後、トイレの個室で射精するC案も描かれている【504】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・カットされたトウジとケンスケがシンジにお礼を言いに来るシーン バスケットボールをパスするトウジに(シンジをはげますかのように)と書かれている。【508】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・コンテ段階でもミサトの「シンジ君、今晩から本部で泊まりよ。仕度して(事務的な冷たさで)」あり。【511】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・その後、「この後ワンシーン未定のため抜けています」の文字あり。脚本第2稿を読む限りゼーレとゲンドウたちの会話シーンと思われる。(コンテには【642~644へ掲載されている) 【511】
・脚本第2稿と同じくミサトの「これがセカンドインパクトの真意だったのね」は「そう、このためにエヴァが13体必要だったのね」になっている。【514】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・リツコ「エゴイストな人ね」立ち上がるリツコ 「※気だるくゆっくりと」との指示。【519】
・画面奥へ歩いていくミサトのシーン 「コール.受話.質問.答.すべてテキパキとしていてたるみがない。」 「歩きリズミカルに」との指示あり。【520】
・マコトに尋ねた後のミサトさん途中から(日向の言葉を聞いていない)とある。【523】
・脚本第2稿と同じように マコト「向こうはそう思っちゃくれないさ」の後にマヤ「何故?どうしてなの?」のカットがあり、欠番マークが入っている。【531】
・綾波の位置が確認できないのを聞いたミサトの表情 「ミサトちょっと意外(マギがVIPを見失うことはあり得ない) とあり。【537】
・1話の吹き抜けの渡り廊下(ミサトが迷ってシンジと何回も通ったとこ)を通っている人影はNERVの職員ではなく戦自の兵士。【541】
・ゲンドウ「冬月先生。あとをたのみます」の前に脚本第2稿と同じく ゲンドウ「ああ.時は来た」あり 【542】
・「赤のケーブルから優先して切断」と火炎放射器を2回放ち、2回悲鳴が聞こえる指示はない。(放った時に女性が響くことは書いてある)【547】
・ミサト「ごめん。あとよろしく」 マコト「はい」の後に 手を上げて降伏しているネルフ職員を撃ち殺す戦自隊員のカットあり・このカットは貞本版エヴァにも使われた。【553】(ここのカットは春エヴァの予告編でも使われている)

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・アスカが目を覚ますシーンは脚本第2稿と同じ(「何よこれ?動かないじゃないこのポンコツ」「気持ち悪い…薬が切れたんだわ」等の台詞)
・脚本第2稿と同じくBパートスタート(アイキャッチ後)にある 【560・561】
・戦自の喉に銃を突きつけるミサトのシーン (「※このCUT圧迫感を出したいのでよろしく!」)とあり 【569】
・フィルムだと分かりづらいがコンテ段階だと戦自の無線を聞いている時にそばに殺した戦自隊員の死体がある。(フィルムだと足だけしか見えない)【571】

・ミサト「さぁ、立って!」のカット (「厳守!大判作画でおくれ目に目盛付PANで!スタンダードでのつけPAN絶対禁止」)と指示アリ。【573】
・ミサトが「人間も18番目の使徒だった」と言うシーン (「改 台詞と尺変更有り☑」)とあるのでおそらく脚本第2稿と同じコンテで描かれたが、フィルムと同じ内容に内容になった。【583~585】

・お母さんを見つけた幼いアスカの顔 「散々泣きつかれたカオの幼いアスカ。迷子が母親を見つけた時の笑顔」とある。【591】
・幼いアスカの手をひっぱりあげる母親 弐号機起動顔アップのシーンは追加シーン。(「すみません。#25追加でお願いし☑ なにとぞよろしく」)との庵野さんコメントアリ。【593】
・脚本第2稿と同じく量産機1体目を倒したときのアスカの台詞は「ひとつ!」【626】
・ミサト「あんたこのままやめるつもり!?」は追加カット 【695】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・量産機の首を折る弐号機 この段階では倒れたところに首根っこにひざ蹴り。【650】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・アスカ「もう!しつこいわね!バカシンジなんかあてにできないのに~!」のシーンの台詞「もう、何やってんの?バカシンジ!! さっさと出てきなさいよっ!」となっている 【654】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・ニードルガンで十号機を倒したアスカ カウントを見て(1分7秒)「まだイケる!!」のセリフアリ。【664】

・シンジ「ママ?」「母さん?」の間に初号機の眼が光るインサートアリ。【671】
・アスカ「これでラストオオオオオオオオ!」なし 「うあああああ」となっている。【672】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・アスカ「まさか、ロンギヌスの槍!?」 ではなく「フィールドが?」というセリフになっている。【675】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・弐号機を食う時に飛んでくる量産機 「昇降のスピード感にメリハリをつけてください。怖いぐらいのとびつく速さ!」との指示アリ。【681】
・弐号機が暴走した時のモニター ☆モニターの外暴走時の「超視界」というカンジとある。【686】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・シンジ「やっぱり来なきゃよかったんだ。エヴァなんかに乗らなきゃよかったんだ。」(このセリフは超有名) 【688】

引用:新世紀エヴァンゲリオン劇場版 絵コンテ集より ©1997GAINAX/EVA制作委員会
・マヤの「ヒッ!」は追加カット 【695】