・コンテ段階だと冬月の「十数年後に必ずサードインパクトが起こる」が「十数年後に必ずここでサードインパクトが起こる」となっている
（劇場版25話で冬月は「まさかここで起こすつもりか」と言っていて第３新東京市で起こすつもりだとは知らなかったという設定と矛盾するので削られたのだろう）【３２０】
・赤ちゃんのシンジとユイと冬月のカット ユイ「シンジのためにも」の後のカットの後にユイを見る冬月のカット
（ユイのカットで「終わった方がＣ－１６４と対称で来てよいかも」）とのコメント（コンテの摩砂雪さん？）の後に庵野監督の（「あった方がよいかと」）というコメントあり【３２３】
