・弐号機ＶＳ量産機戦のようにめちゃくちゃに暴れてもジオフロント内で地面に足が沈みこまないのは『エヴァが移動を想定できるすべての施設に対応が計られているから』「グラスファイバー等の強化材のほかにパッシブに磁場を発生する装置が施工されている」とのこと。（弐号機ＶＳ量産機戦描いてる人の俺設定だと思うが…） 【劇場版原画集上巻 225】
・人類の補完が始まり、量産機から無数の綾波の顔が出てくるカット もっと醜い感じの顔で作監は描いていたが、庵野さんから
「すみません。あくまで美少女のイメージというか面カゲをよろしく（記号的美少女がゆがんだ感じで）」との指示あり。（アレで一応美少女意識してたのか…）【劇場版原画集下巻 ７９】
・補完計画でカヲルを見つけたシンジの顔について 庵野監督から「表情柔らかくよろしく。救いに出会ったよろこびで」との指示あり。 【劇場版原画集下巻 85】
・シンジの過去回想で出てくるセットみたいなやつ 庵野監督コメントで「スタジオセット風 急場のたて込みの感じです」 【劇場版原画集下巻 95】
・アスカの「イライラすんのよ！」の顔 庵野監督から「目を見開いてちょいヒステリックに」 「すみませんハダカでよろしく」 「騎乗位でSEXの最中に言われてるイメージ。そんなん言われたらしぼむ」とのコメントあり。 【劇場版原画集下巻 98】
・シンジの「自分みたいで？」のシーン 「ポツリとボソって言う感じ」 「コンテと変わってすみません。こちらでよろしく」との指示あり。
コンテと変わってすみませんと書いてあるのは、コンテ段階ではシンジとアスカのセックスのイメージはなかったため。【劇場版原画集下巻 99】
・シンジがミサトさんと加持さんのセックスを見ているカット 「前カットとのつながりを考えると扇風機の後ろは窓なんですけどシンジはうす暗がりに居てほしいのでこれでお願いします」とのコメントアリ。（シンジがうす暗がりにいることすら意味があった） 【劇場版原画集下巻 101】
・セックスシーンのミサトさんの足 「大変ですが生々しくよろしくです」とのコメントアリ（たぶん庵野さんコメ） 【劇場版原画集下巻 109】
・アスカ「救ってやれると思ってんの」のとこの舌ペロ 「舌の動きでなまめかしさがだせると面白いかも・・・」「うすく口びる色を入れる？」 「このあたり演出と要相談入れてください」との庵野さんコメントあり。 【劇場版原画集下巻 115】
・アスカの舌ペロのシーンの原画 「ワンスアポンアタイムイナメリカ」で何とかって人が男の〇〇〇を品定めするシーンで
こうペロ・・・と舌を舐めるってのがありましたな。アニメではむずかしすぎ」というコメントアリ。庵野さんのコメントかどうかは不明。 【劇場版原画集下巻 117】
・電車の中でアスカの「アンタが全部私の者にならないなら（ｒｙ」のシーン 「シンジのモーソーなのでいつもよりオッパイ大っきい？」とのコメント （えっここシンジの妄想なの？） 【劇場版原画集下巻 126】